Руководитель внутреннего аудита, или главный аудитор, — это должностное лицо высшего уровня, отвечающее за руководство подразделением внутреннего аудита. Согласно Глобальным стандартам внутреннего аудита Института внутренних аудиторов, в круг его обязанностей входят стратегическое планирование, привлечение и распределение ресурсов, выстраивание взаимоотношений и коммуникация с заинтересованными сторонами, а также обеспечение и повышение качества деятельности подразделения.

Например, в начале года главный аудитор разрабатывает стратегический план, определяющий направления, которые будет проверять подразделение внутреннего аудита, и выделяет на него необходимый бюджет и персонал. Он на постоянной основе осуществляет мониторинг деятельности внутреннего аудита, чтобы убедиться, что применяемые методологии и ресурсы способствуют достижению поставленных целей.

Главный аудитор вправе делегировать часть своих функций другим сотрудникам, однако конечная ответственность по-прежнему остаётся за ним. Иными словами, даже передав то или иное задание другому лицу, он не освобождается от ответственности за результат. Кроме того, он согласовывает роль и обязанности внутреннего аудита с наблюдательным советом и высшим руководством. Данные обязанности могут быть задокументированы в положении внутреннего аудита.